Program zajišťuje oblast ochrany a reprodukce genetických zdrojů lesních dřevin a uvádí tuto oblast do souladu s platnými právními předpisy a mezinárodními úmluvami a dohodami. Národní program rovněž dotváří právní a organizační rámec nezbytný pro zajištění efektivního a setrvalého využívání genetických zdrojů lesních dřevin v souladu s potřebami lesního hospodářství a zásadami trvale udržitelného hospodaření v lesích. Hlavním cílem Národního programu je zachovat a reprodukovat genofond lesních dřevin jako součást národního bohatství pro budoucí generace.